La Vicaría Judicial y el Tribunal Eclesiástico están unidos al obispo en su tarea episcopal de buscar el bien común y la salvación de las almas que le han sido encomendadas. En concreto su objetivo es la resolución de los problemas que en términos de justicia se dan entre personas y comunidades, en cuanto fieles, dentro de la vida de la Iglesia y en el marco del derecho canónico.

El Tribunal Eclesiástico de San Sebastián es un Tribunal de primera instancia y en él se pueden conocer los procesos y procedimientos en los que es competente según Derecho. El más conocido de todos es el proceso de nulidad matrimonial, atendiendo también a los exhortos que desde otros Tribunales se le hacen.

Para consultar y asesorarse sobre el inicio de una causa de nulidad matrimonial, el Tribunal dispone de un Servicio de Acogida Pastoral y Asesoramiento Jurídico. A él se puede acudir y plantear, incluso, el pleno acceso gratuito al proceso (abogado de oficio etc.).