Los cursos que imparte el Instituto están dirigidos principalmente a laicas y laicos interesados en el hecho religioso. La oferta se realiza desde una perspectiva católica en diálogo y reflexión dentro de un contexto sociocultural abierto y plural.

Los ámbitos formativos son de dos tipos: el universitario, con titulaciones de Baccalaureatus (Grado) y Licentiatus (Máster), y el no-universitario, o pastoral, con el reconocimiento de la Diócesis.

A partir de septiembre, además de las materias propias de cada curso, el Instituto oferta cada año los llamados Miércoles Teológicos, dirigidos a todo tipo de público que pueda asistir a clases por la mañana.

En los últimos años más de 1500 de alumnos/as han asistido a las clases del Instituto Superior de Ciencias Religiosas de San Sebastián «Pío XII». El plazo de matriculación para el curso que viene se abrirá en septiembre.